Mit Kaiser Karl V. wurde 1532 die Zuziehung ärztlicher Sachverständiger bei einer Vielzahl von Fragestellungen institutionalisiert, etwa bei Mord, Totschlag, Körperverletzung mit Todesfolge, fraglicher Kausalität einer Gewalteinwirkung für den Todeseintritt oder bei ärztlichen Kunstfehlern. Seine Halsgerichtsordnung Constitutio Criminalis Carolina gilt als erstes deutsches Strafgesetzbuch und als Geburtsstunde der Rechtsmedizin, die damit zu den ältesten medizinischen Spezialdisziplinen überhaupt zählt.
Erste Wurzeln gab es aber schon in der Antike. Auch in fernöstlichen Kulturen wurden früh medizinische Sachverhalte mit Blick auf Rechtsfragen bewertet. Hier lag natürlich noch kein systematisches Fachwissen vor. So soll es 2700 vor Christus unter Imhotep schon die Leichenschau zur Feststellung der Todesursache gegeben haben. Und es gibt Hinweise, dass 1700 vor Christus unter Chammurapi von Babylon bereits ärztliche Kunstfehler „strafrechtlich“ verfolgt wurden.
Der Arzt Antistius soll bei der Untersuchung des Leichnams Cäsars festgestellt haben, dass von den 23 Stichverletzungen nur ein Bruststich tödlich war. Als ältestes Lehrbuch der Disziplin gilt das 1247 erstmals herausgegebene chinesische Buch „Hsi-Yuan-Lu“, das bis ins 19. Jahrhundert in Gebrauch gewesen sein soll.
In der Folgezeit wurde, in Anlehnung an die zeitgenössische Rechtsordnung, das Fachwissen systematisiert. In Reaktion auf die Halsgerichtsordnung publizierte der päpstliche Leibarzt Paolo Zacchia Anfang 1600 das mehrbändige Werk „Questiones medico legales" und legte damit einen wichtigen Grundstein für die rechtliche Medizin.
Mit der Entwicklung der Naturwissenschaften verdrängten exakte Beobachtungen und physiologisches Denken zunehmend den Aberglauben mit mystischen Theorien. Die 1681 von dem Arzt Dr. Johann Schreyer eingeführte Lungenschwimmprobe, zur Feststellung, ob ein totes Neugeborenes zuvor gelebt hat, stellt bis heute eine Routinemethode dar.
Die Leipziger Schule der gerichtlichen Medizin des 17. und 18. Jahrhunderts forderte schließlich die vollständige Sektion des Verstorbenen als Grundlage der Beurteilung von Wunden. Historisch gesehen gilt die Rechtsmedizin als Schrittmacher der Anatomie.
Dass die gerichtliche Medizin schließlich mit dem öffentlichen Gesundheitswesen zur Staatsarzneikunde zusammengeschlossen wurde, war eher hinderlich. Eduard Ritter von Hofmann war, als er 1876 das Ordinariat in Wien antrat, der Erste, der sich aus dieser Umklammerung löste. Er trennte sich von der Medizinischen Polizei.
Das Institut für gerichtliche Medizin der Universität Wien wurde unter seiner Leitung zum wesentlichen Schrittmacher der wissenschaftlichen Weiterentwicklung. Sein Lehrbuch gilt bis heute als Informationsquelle (Lehrbuch für Gerichtliche Medizin, wurde ins Französische, Italienische, Spanische und Russische übersetzt.). In Preußen war es der Berliner Gerichtsarzt Johann Ludwig Casper, der das Fach auf eine empirische Grundlage stellte.
Lange wurde die Rechtsmedizin im Deutschen Reich danach nicht als Lehrfach anerkannt. Sie galt nicht als selbstständige Wissenschaft, sondern als Mix anderer Wissenschaften, die nur gezielt auf unglückliche und schädliche soziale Verhältnisse angewendet wurde. Erst 1924 wurde die Rechtsmedizin mit der neuen Prüfungsordnung Prüfungsfach. Damit begann die Gründung eigenständiger Universitätsinstitute. 1969 wurde die alte Bezeichnung „Gerichtliche Medizin" in „Rechtsmedizin" umbenannt, um den Aufgabenfeldern Rechnung zu tragen, die weit über die gerichtlichen Belange hinausgehen. Aktuell kommt es unter dem Druck mangelnder finanzieller Mittel wieder zu Schließungen und Fusionen einzelner Institute.
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